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全球生物多樣性數據門戶促進全球生物多樣性研究

發布時間:2023-11-30 17:19:48來源:

EMBL 的歐洲生物信息學研究所 (EMBL-EBI) 推出了全球生物多樣性門戶——一個開放訪問數據門戶,將整合來自地球生物基因組計劃內不同生物多樣性項目的基因組信息。

測序和存儲地球上所有物種的基因組數據對于未來的保護和生物多樣性工作至關重要。在生物多樣性受到各種環境壓力威脅的時代,迫切需要集中、可訪問且可操作的數據。這些數據使研究人員能夠了解使物種獨特的遺傳因素,包括其在適應不斷變化的環境條件方面的脆弱性和優勢。該信息還可以直接應用于農業和生物工程;了解植物基因組有助于開發更具彈性的作物和更高效的生物燃料。

“全球生物多樣性門戶旨在充當‘超級門戶’,將全球生物多樣性項目的測序數據匯集到一個集中、友好的界面中,” EMBL-EBI 基因組分析團隊負責人 Peter Harrison說。“這使得用戶可以毫不費力地搜索他們所需的有關他們感興趣的物種的所有信息。”

“EMBL 致力于在分子水平上了解生物體與其環境之間的復雜關系,” EMBL 行星生物學項目經理 Josipa Bilic Zimmermann說。“全球生物多樣性門戶以集中且易于訪問的方式提供了在地球上不同生態系統中收集的物種的基因組信息。它與行星生物學任務完美契合,因為現有信息有助于生物多樣性評估,并且進一步的基因組分析將允許“更好地了解物種進化和適應。支持此類項目對于 EMBL 非常重要,因為生命基因組塊的多樣性是任何進一步生物學研究的基礎。”

全球生物多樣性

地球生物基因組計劃代表了對地球上所??有真核生命形式的基因組進行測序、編目和分析的巨大努力。它旨在為不同學科的研究人員提供寶貴的資源。EMBL 的全球生物多樣性門戶將作為一個綜合基因組平臺來支持地球生物基因組計劃,使從構成這一更廣泛計劃的眾多項目中收集的數據可以在一個地方訪問。

Tree 項目負責人 Mark Blaxter表示:“地球生物基因組計劃收集的數據支撐了重要的科學見解,這將幫助全球研究人員找到應對一些最大的全球挑戰的解決方案,包括氣候變化、疾病??跨物種傳播和保護。”威康桑格研究所生命項目主任兼高級小組組長。“使這些物種數據易于訪問并向所有人開放是該項目的基本核心,而該數據門戶將使之成為可能。”

有用的功能

全球生物多樣性門戶將通過將基因組數據和元數據結合在一個易于導航和搜索的用戶友好界面中,充當生物多樣性信息的中心樞紐。

全球生物多樣性門戶的主要特點:

狀態跟蹤:可以使用狀態跟蹤功能來跟蹤測序進度,其中包括有關每個物種的公共原始數據、組件和注釋的信息。樹上的基因組服務跟蹤地球生物基因組項目的整體進展,包括在采樣和測序發生之前。

搜索靈活性:用戶將能夠通過常用名稱和拉丁名稱進行搜索,從而幫助更易于訪問的導航。

出版物:使用門戶內收集的基因組數據的出版物將被跟蹤并列為平臺的一部分。

相關項目數據:用戶將可以選擇訪問特定于項目的門戶以獲取更詳細的數據。

用戶參與:整個門戶提供圖像和物種信息,使非科學受眾可以輕松瀏覽和了解有關不同物種的更多信息。

哈里森說:“我們希望通過整合整體數據來繼續發展該門戶,包括收集樣本的詳細位置,包括氣候和地理信息。” “我們還希望納入 IUCN 受威脅物種紅色名錄中的數據,以提供有關特定物種瀕危狀態的信息,從而為我們的用戶增加更多價值。”

可擴展的數據訪問

該門戶旨在為科學和非科學界提供服務,并提供用戶友好的選項來搜索與感興趣的物種相關的數據。其強大的搜索功能與動態過濾選項相結合,意味著無論您是尋找特定測序數據的基因組學專家,還是對棲息地分布感興趣的保護主義者,該門戶都可以提供可定制的搜索體驗,將最相關的數據帶到您的指尖。

全球生物多樣性門戶背后的系統旨在轉換和標準化數據,從而實現不同來源和項目的數據協調。該系統每天更新多次,自動掃描各種數據庫以盡可能保持信息最新。該門戶在設計時還考慮到了可擴展性,無論是在處理的數據量方面還是在全球生物多樣性倡議開始加強時需要支持的用戶數量方面。

柏林萊布尼茨動物園和野生動物研究所組長兼歐洲參考基因組圖譜創始主席卡米拉·馬??佐尼 (Camila Mazzoni) 表示:“該門戶代表了科學界的重大進步,為訪問和共享重要基因組數據提供了一個全面的平臺。” (ERGA)。“我們在 ERGA 的工作一直致力于繪制歐洲物種的基因組多樣性圖譜,這個新的數據門戶將幫助我們在全球范圍內拓展我們的視野。通過這種合作努力,我們可以增強對全球生物多樣性的理解,將來自各種生態系統,以支持全球更有效、更明智的保護戰略。”

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